流式细胞术是现代生物学研究中的一项重要技术。它zui初主要用于细胞的荧光分析以及标有荧光抗体的细胞分选，当然，这仍是现阶段的主要应用。但zui近，流式细胞仪的应用范围正在迅速扩大。在介绍性的评论中，Kalisky和Quake讨论了流式细胞仪在单细胞分析中的作用，并谈及了它在基因组测序和基因表达中的新兴作用。其中，Navin等的一篇文章介绍了从肿瘤细胞中分离单个流式分选的核，接着进行全基因组扩增和单细胞基因组的测序，以研究肿瘤发展。而Brind'Amour则描述了另一种流式细胞学方法，它通过FISH对重复基因组DNA进行分析。

在甲基化分析中，流式细胞仪已应用在癌症生物标志物的寻找上。通过定量临床血浆和粪便样品中的DNA甲基化来寻找生物标志物，如Li等的文章。尽管流式细胞仪在临床和预临床研究中的流行，但这项技术的复杂度也限制了它在监控临床试验中的应用。在一篇发表在《Nature Immunology》上的评论中，Maecker等提出了一个流程，让使用流式细胞仪监控的多中心临床试验的实验可变性降至zui低程度。流式细胞仪目前不仅仅用于哺乳动物细胞的研究。根据Stoeckius等，它还用于分期的线虫胚胎的筛选，以分析RNA表达。而Suzuki等则通过反复交配和单缺失株的富集创建出带有多个缺失的酿酒酵母。另外，Mayer等采用荧光激活细胞分选来富集细胞特异的适体（aptamer）。

《Nature Methods》的主编Daniel Evanko认为，这些例子仅仅是目前进展中的一部分，无疑流式细胞术将继续发展，作为新技术被采用，并开发出新的应用。之前，流式细胞仪一直被认为是精密复杂的仪器，需训练有素的专人操作，且价值不菲，一般实验室只能望而兴叹。但近年来一些主流生物技术企业相继推出了新型流式细胞仪，不单将原本需要一支工程师队伍进行安装的大型设备压缩成为可以单人运送的紧凑型仪器，而且操作更加简单，价格也更加实惠。